Salute e malattia
Quando grandi numeri di bestiame sono tenuti in spazi ristretti, possono contrarre il batterio senza sintomi. Il batterio viene rilasciato con i rifiuti, spesso usati come fertilizzante nei campi, raggiungendo i pomodori. Il calore del compostaggio uccide la maggior parte dei batteri, ma molti sopravvivono e possono contaminare i prodotti.
Forniture idriche contaminate sono un'altra causa. Lagune di rifiuti che perdono e acque di scolo da pascoli possono inquinare falde, ruscelli o fonti usate per l'irrigazione. Un'indagine FDA ha identificato questa come probabile causa dell'epidemia di Salmonella 2002 in meloni messicani importati.
Animali selvatici che attraversano i campi possono contaminarli con feci proprie o portate da elsewhere. L'epidemia di E. coli negli spinaci 2006 fu ricondotta a cinghiali selvatici con letame contaminato sugli zoccoli.
Nonostante la regola di lavare i prodotti con acqua clorata, a volte rimangono abbastanza batteri da causare malattia. Se la buccia del pomodoro si perfora durante la raccolta o la vendita, i batteri entrano all'interno. Per questo i pomodori a grappolo furono esclusi dall'allarme Salmonella.
Un altro modo per la Salmonella di entrare nei pomodori è lo shock termico. Spesso i pomodori vengono raccolti in giornate calde e poi immersi in acqua fredda per raffreddarli. Questo risucchia la Salmonella presente in superficie all'interno del frutto.
Sicurezza alimentare