Salute e malattia
Sebbene l'estrazione magnetica non sia sempre il metodo ideale, presenta vantaggi distinti che la rendono efficace in certe situazioni rispetto a metodi più vecchi come l'estrazione con fenolo, che richiede ripetute centrifugazioni dopo ogni applicazione chimica e molto più tempo. L'estrazione magnetica è più veloce perché si basa sul legame di gruppi funzionali specifici sulla superficie di perle magnetiche rivestite, separabili con un semplice magnete (eventualmente combinato con centrifuga).
Set specifici di perle magnetiche sono comunemente usati per l'estrazione del DNA. Poiché ogni sistema, che include un processore meccanico per risparmiare lavoro, viene fornito con il proprio marchio, dovreste usare solo perle progettate per quel sistema. Dimensioni e rivestimenti delle perle possono alterare i risultati se usate in dispositivi diversi, compromettendo la credibilità della ricerca. Anche alternative appositamente realizzate possono aumentare l'errore sperimentale e andrebbero dichiarate nella relazione dei risultati se l'estrattore non è fatto per lavorare con le vostre perle specifiche.
Sistemi che usano perle diverse possono influenzare i risultati. Henderson et al. hanno concluso che, dei nove tipi di perle testati, le Dynabeads® DNA DIRECT™ di Invitrogen™ catturano solo DNA con ceppo geometricamente avvolto. Ciò significa che le perle magnetizzate trattengono solo i frammenti di DNA più grandi. Inoltre, il DNA deve essere libero in soluzione, escludendo l'uso in certe circostanze. Tuttavia, questo prodotto è un buon modo per separare il DNA ad alto peso molecolare (pezzi grandi) da quello a basso peso molecolare ("degradato", pezzi piccoli o rotti). In sintesi, spetta ai ricercatori determinare come sfruttare al meglio le caratteristiche di questi prodotti.
Questo nuovo metodo può complicare le cose (logisticamente), ma la maggior parte degli studi che usano l'estrazione magnetica impiegano ancora il fenolo come controllo e confronto, mostrando tipicamente miglioramenti in velocità e accuratezza riducendo l'errore sperimentale tramite automazione. Inoltre, l'approccio magnetico si presta all'immobilizzazione reversibile automatizzata, migliorando l'efficacia dei fondi di ricerca aumentando la resa di DNA per run.
Le perle magnetiche esistono in vari tipi: possono essere rivestite con anticorpi specifici per una proteina, o più genericamente con gruppi amminici, carbossilici o altri gruppi adatti. Una volta che il rivestimento chimico sul magnete ha legato la sostanza bersaglio, i complessi perla-sostanza possono essere rapidamente rimossi mediante un semplice magnete.
La dimensione influisce su proprietà come il tempo di legame per via della superficie, che aumenta nelle perle più piccole. Un vantaggio delle perle più piccole è che formano sospensioni migliori, essendo le particelle più fini e facilmente dispersibili. Le perle micro sono molto più grandi (fino a 15.000 volte) delle controparti nano (che costano molto di più).
Lo svantaggio è la spesa considerevole per le nano-perle: 5 mL possono costare oltre 400$. Le perle micro sono considerevolmente più economiche, circa un terzo del costo, ma rallentano il lavoro.
Sono disponibili separatori magnetici che tengono le provette per centrifuga e permettono la separazione in massa in molte provette piene contemporaneamente. Alcuni ne reggono fino a 24 o più, altri solo due. Il magnete è tipicamente centrale nelle versioni multi-provetta ed è posizionato sotto o accanto ai tubi. Mettere questi tubi in centrifuga ha senso per l'alta densità delle perle che agevola la separazione magnetica. Ulteriori info sul web o dal vostro fornitore locale.
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