Lisi Alcalina: Guida all'Estrazione del DNA Plasmide

Gli scienziati usano la lisi alcalina per estrarre DNA plasmide da batteri per uso in esperimenti genetici. I plasmidi sono piccole molecole circolari di DNA contenenti un piccolo pezzo di codice genetico per lo studio.

Perché Lisi Alcalina

Il protocollo di lisi alcalina consiste in una serie di soluzioni aggiunte a un pellet batterico contenente DNA plasmide. L'aumentata alcalinità della soluzione causa la rottura delle cellule. Questo metodo di estrazione protegge il DNA plasmide mentre distrugge il DNA genomico e denatura le proteine cellulari fornendo allo scienziato un campione relativamente puro.

SDS e NaOH

Alcalino descrive i due principali agenti chimici usati per causare la lisi delle singole cellule. Il sodio dodecil (lauril) solfato (SDS) è un detergente che destabilizza la cellula creando buchi nella membrana cellulare. L'idrossido di sodio (NaOH) aiuta a rompere la parete cellulare causando la disintegrazione della cellula e il rilascio del suo materiale genetico in soluzione.

Perché il DNA Plasmide Sopravvive

Una proprietà aggiuntiva del NaOH nel protocollo di lisi alcalina è di interrompere i legami idrogeno tra le basi del DNA. Questo denatura il DNA genomico e il DNA plasmide a singoli filamenti. L'aggiunta di acetato di potassio alla soluzione neutralizza l'alcalinità e il piccolo DNA plasmide è in grado di ri-naturarsi e dissolversi in soluzione. Il DNA genomico è troppo grande per ri-naturare tutta la sua lunghezza. Esso e le proteine denaturate precipitano durante la centrifugazione lasciando il DNA plasmide in soluzione.