Test genomici nel cancro: principi, applicazioni e impatto
Cosa analizzano i test genomici
- Mutazioni somatiche (SNV, indel)
- Alterazioni del numero di copie (amplificazioni, delezioni)
- Varianti strutturali (traslocazioni, fusioni)
- Varianti germline (predisposizione ereditaria al cancro)
- Espressione genica (RNA-seq) e carico mutazionale tumorale (TMB)
- Stato di instabilità dei microsatelliti (MSI)
Utilità clinica
- Diagnosi precisa: subtipizzazione molecolare (es. fusioni NTRK, mutazioni IDH).
- Selezione della terapia: associare alterazioni a farmaci mirati FDA-approved o trial clinici (es. inibitori EGFR, inibitori PARP).
- Stratificazione prognostica: gruppi di rischio basati su profili molecolari (es. citogenetica AML).
- Farmacogenomica: predire metabolismo/tossicità dei farmaci (es. DPYD, TPMT).
- Matching trial clinici: basket/umbrella trial che targettano alterazioni specifiche.
- Sviluppo farmaci: identificazione di nuovi target e meccanismi di resistenza.
Modalità di test
- Pannelli hotspot (targettizzati, rapidi, cost-effective)
- Profilazione genomica completa (CGP) / pannelli ampi (300-500+ geni)
- Sequenziamento dell'esoma intero (WES) / del genoma intero (WGS) — principalmente ricerca
- Biopsia liquida (ctDNA) per malattia residua minima o quando il tessuto è insufficiente
Considerazioni implementative
I molecular tumor board multidisciplinari interpretano i risultati, valutano il significato delle varianti (Tier I-IV per AMP/ASCO/CAP) e raccomandano trattamenti azionabili. Tempi di risposta, costi e adeguatezza del tessuto sono fattori pratici.