Colorante di Tracciamento in Elettroforesi su Gel: Funzione e Importanza

L'elettroforesi su gel separa frammenti DNA per dimensioni. Il colorante di tracciamento (tracking dye) si aggiunge a ogni campione DNA per visualizzarlo e monitorarne la migrazione nel gel.

Significato

Per separare frammenti DNA (misurarne dimensioni o isolarne uno), si carica DNA in gel di agarosio immerso in soluzione con corrente elettrica. La corrente spinge i frammenti nel gel; il gel è poroso → frammenti piccoli avanzano più veloci e percorrono distanza maggiore nello stesso tempo.

Scopo

Il DNA in soluzione è incolore. Il colorante colorato rende il campione visibile sia in provetta che nel gel. Il colorante non altera il DNA.

Tracciamento

Colorante standard: blu bromofenolo in glicerolo 50%. Colora campione blu brillante → facile seguire la migrazione. Quando il colorante ha percorso ~3/4 lunghezza gel → spegnere corrente.

Densità

Alta concentrazione glicerolo → colorante denso. I campioni DNA affondano nei pozzetti di caricamento (loading wells) invece di galleggiare nella soluzione sopra il gel che conduce la corrente.

Migrazione del Colorante

• Blu bromofenolo: migra in agarosio alla stessa velocità di un filamento DNA di ~300 paia di basi (bp).
• Xilene cianolo: per frammenti DNA maggiori; migra come DNA ~4.000 bp.

La scelta del colorante appropriato in base alla dimensione attesa dei frammenti ottimizza il monitoraggio della corsa elettroforetica.