Convertire sequenze DNA in formato FASTA: guida completa

Un obiettivo comune nella ricerca medica implica l'identificazione di errori, o mutazioni, nella sequenza DNA che potrebbero causare malattie genetiche. Tecnologia e informatica hanno avanzato la ricerca genetica a un livello dove migliaia di dati di sequenza possono essere analizzati simultaneamente. Una stipulazione dei software più recenti è la conversione preventiva dei dati di sequenza in formato FASTA. FASTA è simile a un semplice formato di testo. Permette a più pezzi di dati di essere compilati in un singolo file e accelera l'analisi. Tuttavia, la maggior parte degli strumenti genera file di sequenza in formato testo. Convertire testo in formato FASTA è un processo semplice usando software di editor di testo.

Occorrente

• Computer
• Programma editor di testo

Istruzioni

1. Aprire il file di testo della sequenza DNA designato usando un programma di editing di testo. Questo sarebbe Text Editor per MacIntosh e Notepad per sistemi compatibili Windows. I file di testo di sequenza originali potrebbero avere un'estensione alternativa come seq per dati generati su un analizzatore genetico automatizzato Applied Biosystems.

2. Iniziare la prima linea digitando > seguito da un identificatore di sequenza. Il simbolo maggiore designa il formato FASTA per programmi che analizzano dati FASTA. Non ci sono regole specifiche riguardanti l'identificatore finché non ci sono spazi. Un esempio di voce accettabile per la prima linea è >Cat_Isomerase_Exon3.

3. Premere il tasto "Invio" per creare un'interruzione di linea e iniziare la seconda linea.

4. Iniziare i dati di sequenza sulla linea due. Le linee guida del formato FASTA richiedono dati di testo DNA seguendo i codici dell'International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC). Ogni linea è limitata a 80 caratteri che rappresentano 80 basi DNA e può essere maiuscola o minuscola. Una voce accettabile incluse basi miste è AGCTTCGTGG...CVTGCGTTGT.

5. Premere il tasto "Invio" per iniziare la prossima linea di dati di sequenza. Ogni linea dovrebbe consistere di 80 basi rappresentate dal codice IUPAC.

6. Salvare il file usando l'estensione txt o l'estensione file FASTA appropriata. I programmi che processano dati formattati FASTA spesso richiedono un'estensione specifica FASTA come fsa, fna, ffn o frn.