Nomenclatura Batteri: Guida alle Convenzioni di Denominazione e Classificazione

Nomenclatura Batterica: Regole Internazionali, Classificazione e Tassonomia

I batteri (procarioti) appartengono al dominio Bacteria (o regno Monera in classificazioni storiche). Cellule singole, nucleo non delimitato da membrana (nucleoide), parete cellulare (peptidoglicano). Classificazione e nomenclatura governate da:

• ICNP (International Code of Nomenclature of Prokaryotes) - ex International Code of Nomenclature of Bacteria.
• ICSP (International Committee on Systematics of Prokaryotes) - ex ICSB.
• IJSEM (International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology) - pubblicazione ufficiale nuove specie.
• LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) - database autorevole online.
• GTDB (Genome Taxonomy Database) - tassonomia genomica moderna.

Struttura Nome Scientifico: Nomenclatura Binomiale

Genere specie (es. Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Mycobacterium tuberculosis)

• Genere: maiuscola, latino/latino-greco, sostantivo. Abbreviabile dopo prima menzione (E. coli).
• Specie (epitetto specifico): minuscolo, aggettivo/genitivo. MAI usato da solo.
• Corsivo (o sottolineato in manoscritto).
• Autore e anno: opzionale in testi scientifici formali (Escherichia coli (Migula 1895) Castellani e Chalmers 1919).
• Sottospecie / Ceppo (strain): Escherichia coli subsp. coli; ceppo K-12, O157:H7.

Classificazione Fenotipica Storica (Ancora Usata per Identificazione Preliminare)

Criterio	Categorie	Esempi
Morfologia (Forma)	Cocchi (sferici) → Staphylococcus, Streptococcus, Neisseria Bacilli (bastoncelli) → Escherichia, Bacillus, Pseudomonas Spirilli (spirali rigidi) → Spirillum Spirochete (spirali flessibili) → Treponema, Borrelia, Leptospira Vibrioni (curvi a virgola) → Vibrio Filamenti / Attinomiceti → Streptomyces, Nocardia	Coccus, Bacillus, Spirillum, Spirochete, Vibrio
Colorazione Gram	Gram-positivi: parete spessa peptidoglicano, trattengono violetto cristallo → viola. Gram-negativi: parete sottile + membrana esterna LPS, decolorano → rosso (contrasti fucsina). Gram-variabili / non colorabili: Mycobacterium (acido-alcol resistenti - Ziehl-Neelsen), Chlamydia, Mycoplasma (no parete).	Gram + / Gram - / ACAR
Raggruppamento (Clustering)	Diplococchi (paia) → Neisseria, Moraxella Streptococchi (catene) → Streptococcus, Enterococcus Stafilococchi (grappoli) → Staphylococcus, Micrococcus Tetradi (gruppi 4) → Micrococcus, Aerococcus Sarcine (cubi 8-64) → Sarcina	Diplo-, Strepto-, Staphylo-, Tetra-, Sarcina-
Metabolismo O₂	Aerobi obbligati, Anaerobi obbligati, Aerobi facoltativi, Microaerofili, Anaerobi aerotolleranti	Pseudomonas (aerobio), Clostridium (anaerobio obbl.), E. coli (facoltativo)
Biochimica	Fermentazione zuccheri, produzione enzimi (catalasi, ossidasi, coagulasi, ureasi, indolo), profilo API, MALDI-TOF MS	Identificazione specie

Classificazione Filogenetica Moderna (Genomica)

• Basata su sequenziamento 16S rRNA (gene "orologio molecolare") e **genoma intero (WGS - Whole Genome Sequencing)**.
• Metriche: ANI (Average Nucleotide Identity) ≥ 95-96% = stessa specie; dDDH (digital DNA-DNA Hybridization) ≥ 70% = stessa specie.
• GTDB fornisce tassonomia coerente basata su filogenomica, risolve polifilia, riassegna generi/specie.
• Esempio: Clostridium storico polifiletico → scisso in Clostridium sensu stricto, Clostridioides (C. difficile), Enterocloster, Hungatella, Paraclostridium, ecc.

Patogenicità e Classificazione di Rischio

• Patogeni obbligati: causano malattia in ospite sano (es. Mycobacterium tuberculosis, Bacillus anthracis, Yersinia pestis).
• Patogeni opportunisti: malattia in immunocompromessi / barriere rotte (es. Pseudomonas aeruginosa, Candida albicans, Staphylococcus epidermidis).
• Commensali / Simbionti: microbiota sano (es. Bifidobacterium, Lactobacillus, Bacteroides).
• Classificazione rischio biologico (Direttiva 2000/54/CE, D.Lgs. 81/08 All. XLVI): Gruppo 1 (improbabile malattia) → Gruppo 4 (grave, alta trasmissibilità, no profilassi/terapia). Es. Gruppo 3: M. tuberculosis, HIV, Y. pestis; Gruppo 4: Ebola, Marburg, Lassa, Variola.

Denominazione per Scopritore / Luogo / Caratteristica

• Onorificenza scienziato: Salmonella (Daniel Elmer Salmon), Escherich (Theodor Escherich), Klebsiella (Edwin Klebs).
• Luogo isolamento: Legionella pneumophila (Legionella = Legionari American Legion convention Philadelphia 1976), Listeria monocytogenes (Monocito), Borrelia burgdorferi (Willy Burgdorfer).
• Caratteristica: Helicobacter pylori (elicoidale, stomaco), Thermus aquaticus (termofilo, acqua calda), Deinococcus radiodurans (resiste radiazioni).

Risorse di Riferimento

• LPSN (lpsn.dsmz.de) - nomi validamente pubblicati.
• GTDB (gtdb.ecogenomic.org) - tassonomia genomica.
• NCBI Taxonomy Browser - integrato GenBank/PubMed.
• Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB) - riferimento enciclopedico.
• CMI (Comprehensive Microbial Resource) / PATRIC / BV-BRC - bioinformatica patogeni.