Hi-C e Cattura Conformazione Cromosomica: tecniche per architettura genomica 3D

Le tecnologie Cattura Conformazione Cromosomica (3C) mappano la prossimità spaziale di loci DNA, rivelando l'organizzazione genomica 3D: domini topologicamente associanti (TAD), loop, compartimenti, contatti enhancer-promotore.

Varianti maggiori

Metodo	Innovazione chiave	Risoluzione/Scala	Migliore per
Hi-C	Genoma-wide, ligazione frammenti cross-linkati, NGS	1 kb – Mb (dipende profondità)	Architettura genoma-wide non biasata
5C (3C-carbon copy)	Amplificazione mediata ligazione prodotti 3C selezionati	Alta (mirata)	Interazioni locus-specifiche dettagliate
ChIA-PET	ChIP + 3C (proteino-centrico)	Genoma-wide	Loop mediati TF/cohesina/CTCF
HiChIP / PLAC-seq	ChIP + ligazione prossimità (input inferiore)	Genoma-wide	Interazioni proteino-dirette, meno cellule
Capture-C / Capture Hi-C	Sonde biotilate arricchiscono loci target	Molto alta (mirata)	Interattomi promotore/enhancer
Micro-C	Digestione MNase (risoluzione nucleosoma)	~100 bp	Architettura livello nucleosoma
SPRITE / GAM	Nessuna ligazione; split-pool o slicing nucleare	Genoma-wide	Contatti multi-via, nessun bias ligazione

Intuizioni biologiche

• TADs vincolano comunicazione enhancer-promotore.
• CTCF/cohesina mediano estrusione loop.
• Compartimenti (A/B) correlano con cromatina attiva/repressiva.
• Malattia: varianti strutturali rompono TADs → enhancer hijacking (es. malformazioni arti, cancro).

Scelta dipende da domanda: genoma-wide vs mirato, proteino-centrico vs non biasato, risoluzione vs throughput.